Pilihan bahan baku pikeun pupuk organik jeung pupuk bio-organik bisa rupa-rupa kandang ternak jeung runtah organik.Rumus produksi dasar beda-beda jeung tipena béda jeung bahan baku;bahan baku dasarna nyaéta: kandang hayam, kandang bebek, kandang soang, kandang babi, tai sapi jeung domba, jarami pepelakan, leutak saringan industri gula, ampas tebu, résidu bit gula, séréal distilasi, résidu ubar, résidu furfural, résidu jamur, buncis. kueh, kueh siki kapas, kueh rapeseed, areng jukut, jsb.